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短程蒸餾器還適合於進行分子蒸餾。分子流直接從加熱表麵到冷凝器的表麵。分子蒸餾的過程可分為四個步驟：

1、分子從液體主體擴散到蒸發表麵。

一般來說，液相擴散速率是控製分子蒸餾速度的主要因素，因此應減小液體層的厚度，加強液體層的流動。

2、分子在液體層表麵的自由蒸發。

蒸發速率隨溫度的升高而升高，但分離係數有時隨溫度的升高而降低。因此，應根據加工材料的熱穩定性選擇經濟合理的蒸餾溫度。

3、分子從蒸發表麵的表麵飛到冷凝表麵的表麵。

蒸汽分子在向冷凝表麵蒸發的過程中可能相互碰撞，並可能與留在兩側的空氣分子發生碰撞。由於蒸發分子比空氣分子重得多，並且它們大部分具有相同的運動方向，它們自身的碰撞對飛行方向和蒸發速率幾乎沒有影響。殘餘分子在兩側都處於混沌運動狀態，因此殘餘分子的數量是影響蒸發方向和速度的主要因素。

4、分子在冷凝表麵上冷凝。

隻要冷熱兩側有足夠的溫差（一般為70～100℃），冷凝表麵是合理的，光滑的，可以認為冷凝步驟可以瞬間完成，因此選擇合理的形式是非常重要的。聚光電容器